У меня то же впечатление. Может оттого, что в книге Рауль на фоне Эрика выигрывает в качестве "возлюбленного" - даже не смотря на увлеченность гением Эрика, Кристина любит все же Рауля - он красивый, благородный и т.п.  Ну а в фильме... скорее наоборот - невозможно поверить, что можно предпочесть Рауля, когда рядом есть такой вот Призрак 

По-моему дописал. А вот куда дел потом... Скорее всего сделал то, что намеревался. 

Более вам скажу -он ее волевым порядком фактически сел и написал, потому что хотел начать жизнь с Кристиной совсем с "чистого листа".

Прямо по тексту книги: когда Рауль с Персом попадают в Комнату пыток и слушаю, что происходит за стенкой (Эрик еще не знает о их присутствии) - там Эрик говорит Кристине, что Дон Жуан закончен, и теперь он хочет жить обычной жизнью, с женой и детьми, как все люди и начинает так сказать склонять Кр. к совместному проживанию
А вот что дальше было с данным произведением непонятно. Я склонна считать, что оно осталось в подземном доме Эрика, т.к. не реализовав свою мечту об обычной жизни он врят ли бы расстался с трудом всей своей жизни. Автор говорит, что возможно попасть в дом Эрика если откачать воду из подземных подходов, которые тот затопил, перерезав пути доступа.
Может великое музыкальное произведение и до сих пор лежит где-то под землей и ждет своего часа (если только не рассыпалось от времени)...

И мыслеформы лозлходцев-фикрайтеров.

Мне кажется, Эрик проинструктировал Кристину, чтоб она куда-нибудь засунула партитуру или он сам её спрятал. Вам не кажется странным, что если допустить, что скелет принадлежал ему, то это довольно странно, что он оказался там, где его нашли. Если, конечно, он не скончался там на месте. В противном случае, кто-то должен был перетащить тело туда. Зачем? И кто? Не Кристина же...

Ага, как в Острове сокровищ: руки скелета указывают направление. Только теперь скелета и след простыл, а о положенни его ничего неизвесно.

А может он его сжёг как Гоголь "Мёртвые души - 2"?

Читаю и сопли жую...

Вот ты сама себе и ответила.
Зачем ему нужна была партитура?  С собой в могилу прихватить? Или оставить неблагодарным слушателям, не понявшим его? Или ты думаешь, что он "прозорливо заглядывая в будущее" надеялся, что потомки его поймут? Он и писал ТДЖ не для публики или Кристины. Он начал писать ее задолго до нее, не собирался он обнародовать свое творение. Боль и чувства изливал в музыке, не рассчитывая на то, что найдется тот кто это оценит и поймет. ИМХО, не оставлял он партитуру. Некому было.

Юр, чьи сопли-то? 

Нетка, я не могу согласиться. Знаю по себе - чтобы сжечь свои творении надо очень много сил - а у Эрика тогда их не было.

Он же Персу отправил в концн концов все, что было у него ценного - всякую муру, принадлежащую Кристине.  По его собственным словам.

Так что вполне мог и партитуру ему отдать.